Fermín Aldeguer a reçu une pénalité de temps après le sprint à l'issue du Sprint de Malaisie à Sepang, ce qui a modifié les résultats finaux de la course courte. Aldeguer a terminé troisième après s'être élancé de la sixième place, mais son week-end de course n'a pas été de tout repos. Lors des qualifications, le jeune pilote a chuté en Q1, puis a eu un deuxième accident inhabituel dans le paddock alors qu'il ramenait sa moto aux stands. Malgré ces problèmes, il est parvenu à atteindre la Q2 et à s'assurer une bonne position de départ pour le Sprint.

Cependant, après la course, les commissaires lui ont infligé une pénalité de temps pour une infraction au règlement. Les détails de cette pénalité n'ont pas été publiés dans l'immédiat, mais elle a suffi à lui faire perdre sa troisième place au classement final.

En raison de cette pénalité, Pedro Acosta a été promu à la troisième place, offrant à son équipe son cinquième podium pour la saison 2025.

La pénalité concerne également Marini, Quartararo et Bezzecchi, tandis qu'Aldeguer est rétrogradé à la septième place. Avec cette promotion, Bezzecchi obtient un point de plus au championnat. Ce point supplémentaire lui permet de se battre avec Francesco Bagnaia pour la troisième place du classement des pilotes.