La gara sprint giapponese ha preso il via dopo un warm-up senza particolari problemi. Fin dall'inizio è arrivata la bandiera gialla, a causa di un incidente che ha coinvolto Marco Bezzecchi e Jorge Martín alla prima curva. I commissari di gara hanno annunciato che l'incidente sarebbe stato riesaminato dopo la volata. Per l'Aprilia, la volata si è conclusa presto.

Tuttavia, Bagnaia, partito dalla pole, è riuscito a mantenere la sua posizione, con Mir in seconda posizione. Marc Márquez, partito dalla terza posizione, è sceso al quarto posto. Pedro Acosta aveva un ritmo incredibile, che ha sfruttato per salire al secondo posto.

La top ten dopo il primo giro era così composta: Bagnaia, Acosta, Mir, Márquez, Morbidelli, Quartararo, Marini, Fernández, Álex e Ogura.

Dopo il primo giro, Acosta aveva già ricevuto un'ammonizione per limiti di pista, che è molto presto in questa fase della gara e potrebbe influenzare i risultati finali.

Nel frattempo, in testa, Bagnaia ha aumentato il suo distacco da Acosta in seconda posizione. Dall'altra parte, Marc ha iniziato a lottare con Mir, ma per ora non ha avuto successo.

Al sesto giro, la top ten si presentava come segue: Bagnaia, Acosta, Mir, Márquez, Morbidelli, Quartararo, Marini, Fernández, Álex e Ogura.

Al settimo giro, Enea Bastianini cade in volata. Nel frattempo, Marc è riuscito a superare Joan Mir, portandosi al 3° posto. Pochi istanti dopo, Márquez ha raggiunto Acosta e lo ha superato facilmente, conquistando il 2° posto.

Ma a soli 2 giri dalla fine, Bagnaia aveva un distacco di 2,7s, che Marc non era in grado di colmare, a meno che Bagnaia non commettesse un errore.

All'11° giro, Johann Zarco si è ritirato dalla gara per problemi meccanici. All'ultimo giro, Jack Miller è caduto nel settore 3, ritirandosi dalla gara. Francesco Bagnaia ha conquistato la sua prima vittoria in volata della stagione 2025, con il suo compagno di squadra Marc Márquez al secondo posto.