De Japanse sprintrace ging van start na een rustige warming-up. En meteen vanaf het begin was er een gele vlag, veroorzaakt door een crash waarbij Marco Bezzecchi en Jorge Martín betrokken waren in bocht 1. De stewards kondigden aan dat het incident na de sprint opnieuw bekeken zou worden. De racestewards kondigden aan dat het incident na de sprint opnieuw bekeken zou worden. Voor Aprilia kwam de sprint vroegtijdig ten einde.

Bagnaia, die vanaf pole startte, wist zijn positie echter vast te houden, met Mir op de tweede plaats. Maar Marc Márquez, die vanaf de derde plaats startte, viel terug naar de vierde plaats. Pedro Acosta had een ongelofelijke snelheid, die hij gebruikte om naar de tweede plaats te klimmen.

De top tien na de eerste ronde zag er als volgt uit: Bagnaia, Acosta, Mir, Márquez, Morbidelli, Quartararo, Marini, Fernández, Álex en Ogura.

Na de eerste ronde kreeg Acosta al een waarschuwing voor een limiet op de baan, wat in dit stadium van de race erg vroeg is en invloed kan hebben op de einduitslag.

Vooraan breidde Bagnaia zijn achterstand op Acosta als tweede uit. Aan de andere kant begon Marc te vechten met Mir, maar tot nu toe had hij geen succes.

In ronde 6 zag de top tien er als volgt uit: Bagnaia, Acosta, Mir, Márquez, Morbidelli, Quartararo, Marini, Fernández, Álex en Ogura.

In ronde 7 viel Enea Bastianini uit in de sprint. Ondertussen slaagde Marc erin om Joan Mir in te halen en zo naar de derde plaats te rijden. Even later haalde Márquez Acosta in en haalde hem gemakkelijk in, waardoor hij 2e werd.

Maar met nog 2 ronden te gaan had Bagnaia een voorsprong van 2,7s, die Marc niet kon dichten - tenzij Bagnaia een fout maakte.

In ronde 11 viel Johann Zarco uit vanwege mechanische problemen. In de laatste ronde viel Jack Miller uit in sector 3, waardoor hij uit de race stapte. Francesco Bagnaia pakte zijn eerste sprintzege van het seizoen 2025, met zijn teamgenoot Marc Márquez op de tweede plaats.